SMP Mutual merupakan amal usaha yang dikelola oleh Majelis Dikdasmen Pimpinan Daerah Muhammadiyah Kota Magelang. Sekolah ini awalnya merupakan SMP Muhammadiyah umum yang kemudian dikembangkan menjadi cikal bakal pondok pedantren modern di lingkungan Muhammadiyah Kota Magelang.

SMP Mutual juga dikembangkan sebagai SMP unggulan di Kota Magelang berbasis Kurikulum Pendidikan Nasional, Kurikulum Kementrian Agama, Kurikulum kepondokan dan Kurikulum Ciri Khusus Kemuhammadiyahan. SMP Mutual dikelola oleh guru-guru dengan kualifikasi dan kompetensi yang terstandarisasi.

Dalam perkembangannya SMP Mutual berusaha melakukan inovasi pembelajaran sesuai dengan kondisi dan situasi pendidikan di Indonesia. Semasa pandemi SMP Mutual Kota Magelang mengedepankan pelayanan pembelajaran dari rumah melalui pratform zoom berbayar, website yang terstandar, proses penilaian dengan aplikasi. Selama pandemi hak-hak belajar siswa tidak terdistorsi oleh kondisi.

Proses pembelajaran berlangsung di SMP Muhammadiyah 1 Alternatif di Jl. Singosari No 85 Kota Magelang dengan membuka kelas Fullday School dan Boarding School. Pengelolaan boarding dibawah management Muhammadiyah Boarding School (MBS) Kota Magelang meliputi kegiatan santri maupun kurikulum pembelajaran pondok.

Tonggak kejayaan keberadaan SMP Mutual tak lepas adanya kepemimpinan di SMP Mutual. Awal berdirinya SMP Mutual dan masa peralihan dari SMP Muhammadiyah menjadi SMP Mutual dipimpin oleh Bapak Subandi, S.Pd. pada tahun 2017 estafet kepemimpinan diserahkan kepada Bapak Wasiun, S.Pd.I, M.Pd.I. Dibawah kepemimpinan Wasiun, S.Pd.I, M.Pd.I sekolah ini memperoleh kepercayaan masyarakat yang tinggi. Di periode keduanya Wasi’un berkomitmen mengajak seluruh civitas akademika di SMP Mutual sebagai sekolah go to International.