Awal perubahan SMP Muhammadiyah menjadi SMP Mutual adalah karena tingginya kesadaran masyarakat tentang pendidikan yang mumpuni dalam koridor pendidikan Muhammadiyah. Tuntutan dari alumni SD Mutual tentang kelanjutan pendidikan putra putrinya di SD Mutual bergayung sambut menjadi tantangan bagi SMP Muhammadiyah untuk reinkarnasi menjadi SMP Muhammadiyah 1 Alternatif. Sekolah ini kemudian mengadopsi model pembelajaran, pelayanan, pengajar dari SD Mutual di masa peralihan.

Masa ini adalah masa adaptasi bagi semuanya. Mendulang kepercayaan dari masyarakat untuk memasrahkan pendidikan anak mereka di SMP Mutual. Dua tahun masa peralihan bisa dijalani dengan baik. Dukungan majelis Dikdasmen yang tinggi, perapian tampuk kepemimpinan menjadi modal besar bagi tumbuh dan berkembangnya SMP Mutual Kota Magelang.